Bazylika św. Franciszka z Asyżu. OO. Franciszkanów

Ufundowany przez księcia Bolesława Wstydliwego dla sprowadzonych z Pragi Franciszkanów; został wybudowany w latach 1252-1269. Kościół jest budowlą gotycką, wielokrotnie przebudowywaną po zniszczeniach wojennych i pożarach. W latach 1657 - 1673 architekturze kościoła dodano nieco elementów barokowych. Jego bogate średniowieczne wyposażenie zostało zniszczone podczas tragicznego w skutkach wielkiego pożaru z 1850 r. Kościół został odrestaurowany i przebudowany. Wewnątrz znajduje się polichromia oraz wspaniałe witraże Stanisława Wyspiańskiego pochodzące z przełomu XIX i XX wieku. Do kościoła przylegają gotyckie krużganki z galerią portretów biskupów krakowskich.
Stanisław Wyspiański przez pół roku, od maja do listopada 1895, poświęcił się całkowicie dekoracji ścian świątyni pod wezwaniem św. Franciszka. Była to bardzo żmudna praca. Niestety wiele z projektów artysty – projektów nieszablonowych, oryginalnych, nowych – spotykało się z oporami bądź braci zakonnych, bądź architektów. Odrzucono np. projektowany przez Wyspiańskiego fryz z ptaków – umiłowanych „podopiecznych” św. Franciszka; zastąpił go fryz z lilii. Inny fryz – z postaci aniołów, pokazanych jako ubodzy chłopcy-ministranci w powykrzywianych bucikach lub z bosymi nogami, również odrzucono, bo wierni mogliby pomyśleć, że w niebie panuje nędza... Nie spodobał się jako „zbyt świecki” cykl obrazów ściennych „Cnoty i występki”.
Artysta musiał zmieniać swe projekty, przedkładać ciągle nowe wzory by dogodzić opiekunom świątyni. Porzucił swą dumę i podporządkował się, choć z rozpaczą w sercu. Zależało mu na tej pracy jak i na zarobku, który okazał się być mizerny. To jednak, co zdołał utrwalić ze swych pomysłów na ścianach kościoła, stanowi prawdziwe arcydzieło, otwierając zarazem nowy rozdział a dziejach sakralnej polichromii. Dominująca jest dekoracja kwiatowa. Od najmłodszych lat Wyspiański kochał kwiaty, szczególnie te polne, skromne zioła i chwasty. Mlecze, osty, pokrzywy stanowiły najulubieńsze motywy jego sztuki zdobniczej. Swym modelom z pól i łąk poświęcił malarski „Zielnik”. Także inne tematy czerpał artysta do swej franciszkańskiej polichromii z natury, np. gwiazdy na sklepieniu u wejścia do kościoła są powiększonymi płatkami śniegu.
Przy głównym ołtarzu powstały wspaniałe malowidła figuralne: Matka Boska – „Królowa-wieśniaczka polska”, w chłopskim kaftanie z Dzieciątkiem otulonym chustą; wzruszająca „Caritas”(„Miłosierdzie”) - wśród irysów dwie dziewczynki w uścisku. A z drugiej strony „Strącone anioły”.
Dalszych robót przy polichromii franciszkańskiej artysta nie doczekał. Jego nowatorska sztuka nie odpowiadała komisji czuwającej nad restauracją kościoła. Ale miał jeszcze powrócić do prac w kościele Franciszkanów. W roku następnym otrzymał od ojców nieoczekiwaną propozycję wykonania witraży dla kościelnych okien. Powstał więc, jako dopełnienie polichromii w prezbiterium świątyni, wspaniały cykl witraży w oknach wokół głównego ołtarza: cztery „Żywioły” – Powietrze, Ogień, Woda i Ziemia oraz dwa witraże figuralne: „Święty Franciszek” i „Błogosławiona Salomea”. Witraż „Św. Franciszek”, do którego postaci pozował kolega artysty, medyk i poeta Kazimierz Lewandowski, przyniósł swemu twórcy już za życia sporo satysfakcji. Właśnie za „Św. Franciszka” otrzymał I nagrodę na zorganizowanym z końcem 1897 roku przez krakowskie Towarzystwo Przyjaciół Sztuk Pięknych konkursie malarstwa religijnego, a w kilka tygodni potem czołową nagrodę na podobnym konkursie w warszawskiej „Zachęcie”.
Wielkie przykrości przeżywał natomiast artysta w związku ze swym drugim franciszkańskim witrażem – „Błogosławioną Salomeą”. Pierwotnie zaprojektował witraż o innej treści, przedstawiający „Trzy polskie mniszki”, błogosławione: Salomeę, Kingę i Jolantę. Potem poprzestał na wizerunku samej błogosławionej Salomei, malując piękną postać kobiecą z koroną wypadającą z omdlałych rąk. Projekt nie zyskał kościelnej aprobaty. Wykorzystując kwiatowe tło do projektu witraża Wyspiańskiego, wtopiono w nie postać namalowaną przez Władysława Rossowskiego. Natomiast karton „Błogosławiona Salomea” nabyła doktorowa Pareńska. Wisiał w jej salonie, później – ofiarowany najstarszej córce Pareńskich Marynie – zdobił jej lwowskie mieszkanie. Dopiero po śmierci Wyspiańskiego, w oknie kościoła Franciszkanów – obok witraża „Św. Franciszek” – znalazła się „Bł. Salomea” jego projektu. Podobnie jak największe dzieło artysty – witraż „Bóg Ojciec”, czy jak zwą go niektórzy „Stań się”. To olbrzymie zamysłem jak i rozmiarami dzieło zostało osadzone w tylnej ścianie kościoła Franciszkanów, nad chórem i wejściem od strony Plant, w październiku 1904 roku. Pierwsze szkice do „Boga Ojca” wykonał artysta już dużo wcześniej. Do postaci stworzyciela pozował mu brat matki Adam Rogowski.